Dans les premières années de son utilisation, le coton Bt a suscité beaucoup d'enthousiasme de la part des observateurs. L'Inra en 2001 évoquait une hausse du rendement pouvant aller jusqu'à 80% pour une baisse de 70% de l'épandage des pesticides. Aux Etats-Unis, une étude du Conseil national du Coton, datant de 2000, fait état d'un avantage économique de 50 dollars par acre pour la culture du coton Bt.

Dix ans plus tard, les publications font preuve de plus de méfiance. «L'efficacité du coton-Bt n'est plus suffisante», note Michel Fok, chercheur au Cirad, dans une étude publiée en juillet dernier. Le Bt a en effet eu l'effet pervers d'ouvrir les champs à de nouvelles générations d'insectes plus résistants. Chenilles, araignées, punaises se multiplient et la sophistication des semences OGM pour faire face à ces menaces fait flamber les prix.

Les graines sont devenues quatre fois plus chères que les semences classiques, à 85 dollars par acre en 2009 contre 20 dollars en 2005. Le marché, inondé par Monsato, n'offre pas beaucoup de choix aux fermiers. «Le Bt est une solution à court terme. Son utilisation se transforme en un cercle vicieux d'endettement pour l'agriculteur», confirme Arnaud Apoteker, responsable de la campagne OGM de Greenpeace.

L'enjeu est aussi environnemental. Les produits utilisés pour traiter ces nouvelles menaces sont accusés d'appauvrir les sols. «Le changements n'était pas clairement anticipé mais il intervient aujourd'hui en Chine et aux Etats-Unis à tel point que le besoin de le contrôler chimiquement peut menacer la poursuite de la production», concluaient des chercheurs lors d'une conférence sur les OGM en Australie en 2009.